Kalıcı bağlantılar kısmını nasıl ayarladınız. Özel yapı seçili şekilde (/%category%/%postname%) ayarlamanız gerekiyor. Birde .htaccess yazma izni var mı ? 644 şeklinde olmalı dosya yazma izni yoksa değişiklikler kaydedilmez. Bunları yaptığınız taktirde sorununuz kalmaz.