PHP ile bir yöntem var umarım işinize yarar.
Öncelikle iki dosyanında yedeğini alın her ihtimale karşı.
Daha sonra dosya2 deki herşeyi dosya1 in altına yapıştırın. Yani tüm isimler tek dosyada olsun daha sonra bir adet index.php dosyası oluşturup içine bu kodları yazın:

$lines = file('tumisimler.txt');
$lines = array_unique($lines);
file_put_contents('tumisimler.txt', implode($lines));
?>

Klasörde bir adet index.php bir adette tüm isimlerin olduğu txt dosyası olacak.
Daha sonra index.php dosyasını çalıştırın ve aynı isimlerin tekrarları silinecektir.