Bakın ul elementinin içerisine değil collapse navbar-collapse classına sahip divin arasına wp_nav_menu() fonksiyonunu çağıracaksınız. Ve fonksiyon dosyanıza benim verdiğim kodları yapıştırıp ul elementinizin classını navbar-nav ml-auto, li elementinizin classını nav-item, a elementinizin classını da nav-link olarak değiştireceksiniz.