Bu şekilde bende çok denemeler yaptım, fakat tam olarak istediğini alamazsın. Master hdd Boot parametrelerinde öncelikli olarak tercih ediliyor. Ben bir usb ile işimi halletmiştim. Şöyleki, ubuntuya girmek için usb ile boot ediyorum ve istediğim hdd ile ayarladığım boot konfigürasyonu sayesinde istediğim hdd ile başlatıyordum. Syslinux ile hazırlayabilirsin.