PHPacemisi adlı üyeden alıntı

Olabilir öyle. O boşluk margin olabilir, padding olabilir, border olabilir. O header arkaplanının bulunduğu katmanda sıkıntı yoksa onun kapsayıcısında olabilir, daha üst div lerde olabilir.
Position olaylarını, margin, padding vs öğrendikten sonra sorunu bulursun.