Ayrıca küçük bi kodla da bu işi halledebilirsin:

// Encode etmek istediğin dosya:
$file = 'deneme.php';
$fh = fopen($file, 'r+');
$contents = fread($fh, filesize($file));
fclose($fh);
$contents = str_replace("$contents = str_replace("$contents = str_replace("?>", "", $contents);
$x = base64_encode(gzdeflate($contents, 9));
echo "";
?>

Ayrıca başlık Php bölümüne alınırsa daha iyi olur sanırım :)