hiç bir platformda böyle bir sorun bildiren görmedim henüz, bu nedenle sorunun wordpress ile alakalı olduğunu düşünmüyorm.
aklıma gelen şuan ya virüs var dosyalarda değişiklik yapıyor, yada sitenizi barıdırdığınız servis dosyalara müdahale ediyor. Yani bazen sistemin yapılandırmasına aykırı bir dosya olduğunda bazı hizmet sağlayıcılarda aykırı olan dosya otomatik siliniyor dizinden.

sorunun kendi kendine tekrarlanması akla birtek dosyalara müdahale olduğunu getiriyor. Tavsiyem hizmet aldığınız yere durumu açık birşekilde bildirin kontrol yapsınlar. Eğer onlardan kaynaklı bir sorun değilse biz bir çözüm arayalım.