aşşağıda verdiğim linkleri inceleyiniz yeni başladıysanız ayrıca js css gibi dosyalarinizin linklerini ../style.css ../js/jsdosya.js gibi ana dizin referans alarak verin scriptinizde.

http://www.codedbygod.com/php/sef-url-nedir-nasil-yapilir/
http://www.codedbygod.com/webtasarim/htaccess-ve-sef-url-guvenlik/