Problem tek tırnakta olmayabilir. element.innerHTML = ''; gibi bir şey yapıyorsanız $code değişkeni içerisindeki yeni satır (\n) ifadelerini de değiştirmeniz gerekiyor, tek tırnağın yanında. JavaScriptte var a = "deneme"; diye değer atarken "deneme" yazısındaki muhtemel satırlar şöyle belirtilmeli
<script>
var a = "deneme satır 1 \
deneme satır 2 \
deneme satır 3";
</script>