Tabi ki parçalayabilirsiniz. Önerim şudur;

Normal Bootstrap dosyasından ihtiyacınız olan tüm sınıfları boş bir css dosyasına aktarın ve sitenizi bu dosya ile test edin. Her hangi bir bozulma olmuyorsa elinizdeki parçalanmış css dosyasını bir minifier aracı yardımıyla tekrar minimize edin ve kullanın.

Tavisye edilen minifier: https://cssminifier.com

Parçalama önerisi ve dikkat edilmesi gereken yerler:

Parçalama kısmında kullandığınız sınıfları tek tek aratıp yeni bir css dosyasına aktarmanız daha kolay olacaktır. Yani boş bir css dosyası oluşturup kullandığınız sınıfları oraya yapıştırın. Fakat dikkat edilmesi gereken nokta var. Bazı sınıflar Bootstrap dosyasında diğer sınıfların yardımı ile çalışmakta. Örnek verecek olursak;

.row sınıfı css dosyasında .container .row, .container-fluid row şeklinde tanımlanmış. Yani container veya container-fluid sınıfı içerisindeki row olarak tanımlanmış. Aynı zaman da tek başına bir row sınıfı da bulunmakta. Siz sadece tek olan row sınıfını alırsanız row sınıfı çalışmayabilir. Buna benzer bir çok bağlantılı sınıf bulunmakta bootstrapta. Ayıklama yaparken tüm bağlantıları kontrol edip gerekli tüm sınıfları almalısınız.

İşiniz zor ama imkansız değil. Sadece biraz zaman ve uğraş istiyor o kadar.

Kolay gelsin :)