Bootstrap'ta sadece ihtiyacın olan kısımları zaten kullanabilirsin.
Bak burada Customize diye bölüm var ;) Sen sadece ihtiyacın kadarını al diye koymuş adamlar.

https://getbootstrap.com/docs/3.3/customize/

12 tane de JQuery modülü eklemişler. Hangisi lazımsa onu kullanırsın, CSS kısmı da öyle. Hem belki biri hız ister diye Less de koymuşlar. Rengini vs düzenlersin. Kendin elle müdahale etmene gerek yok.