Bu tarz scriptlerin içlerine shell adı verilen bir dosya yükleniyor. Sanırım bu şekilde mysql veritabanında gezinmiş ve config okuyarak şifreleri edinmiş aynı sunucuda olan tüm şifreleri alabiliyorsun atla deve değil yeterki ftp bağlantısı edinsin öncelikle site üzerindeki tüm php dosyalarını göz gezdirmende fayda var ve ftp içerisinde alakasız uzantılı dosyalar vsrmı oku kontrol et eklenen birşey yada tabi bu tüm aşamalardan sonra aklına gelen tüm şifreleri değiştirmen gerekiyor.