Birazcık araştırmalarım sonucu böyle bir şey buldum.

Kullandığınız işletim sistemine bağlı olarak,
Postfix
var/log/maillog
Exim
var/log/exim_mainlog
Exchange vb. ise mail loglarını kontrol ederek hatanın nereden kaynaklandığını bulabilirsiniz.
Bunun dışında mail arayüzüne bağlı kalmadan Outlook veya farklı bir programla direk sunucunuzdan mail almayı deneyin.
Kullandığınız arayüz RoundCube ise eğer, bazen bu tarz problemler olabiliyor. Aşağıdaki komut ile repair etmeyi deneyiniz.
/scripts/autorepair net_smtp_fix
Ayrıca sunucunuzun mail servislerini test edin;
http://www.mxtoolbox.com/diagnostic.aspx
Saygılar,