Merhaba, All in One SEO eklentisinde indexlenmesini istemediğiniz yerleri noindex ve nofollow olarak ayarlamanız gerekir. Sonrasında Google search Console'da sitenizin ana sayfasını Google gibi getir aracını kullanarak indexletin. Zamanla düzelecektir.

All in One SEO tüm gerekli ayarlar için şu yazımıza göz atabilirsiniz;

http://www.googlefan.net/all-in-one-seo-ayarlari-en-iyi-sekilde/

İyi çalışmalar.