Wordpress'teki database tablo adları vs. vs. herşey yeni özel yazılımın database'i ile aynı olursa geçilebilir lakin bence böyle bir şey zor ve gereksiz yere uğraşmak olur. Bence Wordpress ile başlayıp devam edin veya direkt olarak özel yazılımla başlayın. Wordpress'te gereksiz sorguları vs. vs. minimuma indirdiğiniz sürece hız, güvenlik vs. gibi konularda sorun yaşayacağınızı düşünmüyorum. Wordpress kullanan büyük siteler Wordpress üzerine geliştirmelerle adeta Wordpress'i özel yazılım haline getirip kullanıyorlar.