Merhabalar,
MYSQL - CPU ve RAM yiyor bunun nedeni dışarıdan mysql portuna bir saldırı alıyor olabilirsiniz ve güvenlik duvarınızdan mysql portu dışarıya aktifse siteler belirli bir süre sonra sql hatasıda verebilir.
IPTABLES kullanarak mevcut mysql portunu devre dışı bırakabilirsiniz, iptables ile uğraşamam bilgim yok diyorsanız Config Server Firewall kurup csf üzerinden sadece belirli potlara izin verebilir ve belirli bağlantı yapılmasını kurallar aracılığı ile sunabilirsiniz.
Eğer dışarıdan bir saldırıdan kaynaklanmıyorsa kullanmış olduğunuz vds içeriğinde barınan siteler ile ilgilide olabilir logları incelemenizi öneririm.
İyi çalışmalar dilerim.