Ben şu şekilde yapıyorum, size de bir faydası olabilir.

Bildirimler için ayrı bir tablo oluşturuyorum, ve is_active adlı bir sütun da ekliyorum (tinyint veya boolean). Kullanıcı bildirim ile etkileşime geçerse is_active değerini false veya 0 yapıyorum.

Bunun için js eventlerini kullanabilirsiniz. Eğer bir bildirim penceresi varsa click eventini veya mouseover eventini kullanabilirsiniz.

Eğer kullanıcı aktif iken gelen bildirimleri görüntülemek istiyorsanız en basitinden bootstrapın alert classlarını kullanabilirsiniz. Ben daha çok flash mesajlarda kullanıyorum ve ama bildirimlere de gidebilir.

Ama daha düzgün bir şey arıyorsanız aşağıdaki plugini kullanabilirsiniz. Çok şık duruyor :)
http://bootstrap-notify.remabledesigns.com/

Aktif kullanıcılara o an oluşan bildirimleri göstermek için, setInterval eventi oluşturabilirsiniz, dakka başı kontrol edersiniz mesela. Size kalmış orası..

Ayrıca bir çok html template'nin kendi bildirim classları ve htmlleri var. Öncelikle bunlara bakın, yoksa yukarıdakinleri deneyebilirsiniz.