Şu şekilde işini görür sanırım:

var obj={};
var no=0;

var colopalette = document.getElementById("color-color-palette");
var modules = colopalette.getElementsByClassName("module");

for (var i = 0; i < modules.length; i++) {
var groupnames = modules[i].getElementsByClassName("group");
no++;
obj[no]={};
for (var ii = 0; ii < groupnames.length; ii++) {

obj[no].title=groupnames[ii].innerHTML;
obj[no].colors=[];
var details = modules[i].getElementsByClassName("details");

for (var iii = 0; iii < details.length; iii++) {
var shade = details[iii].getElementsByClassName("shade");
var hex = details[iii].getElementsByClassName("hex");
details[iii].getElementsByClassName("hex");
for (var iiii = 0; iiii < shade.length; iiii++) {
obj[no].colors.push({title:shade[iiii].innerHTML, hex:hex[iiii].innerHTML});
}
}
}

}

console.log(obj);

///Objeyi Json formatına çevirmek için
var jsonObj=JSON.stringify(obj);
console.log(jsonObj)