Yolu çok da ne yapmak için istiyorsun.

Senaryo a
Sunucuda bir kod var belli aralıkla çalışsın.
Eğer kod işini o aralıkta bitiriyorsa.
crontab

Senaryo b
Gelen ziyaretçi belli aralıkla belli bir işlem yapacak diyorsan
PHP + Javascript

Javascript x saniyede bir request atar cevabı basar.

Senaryo c
Gelen ziyaretçinin ekranında, datasında şu bu var mı ? diye kontrol edeceğ,m
PHP + Javascript + Websocket.
Sunucu websocket ile bağlı istemciye istek gönderir. bu istek web socket ile istemci de çalışan javascript uygulamasına ulaşır, uygulama istenilen işlemi yapar, sonucu yine web socket ile sunucuya döndürür.