1- Php ile Hız optimizasyonu yüksek siteler yapabilirken, wp de wp ile sınırlı kalabilirsiniz
2- Farklı uygulamaları wp yerine phpde sadece gerekli bileşenler ile daha hızlı ve kolayca yazabilirsiniz

Php'nin wp'den daha özgür olduğunu düşünüyorum.