Bahsettiğiniz site ekleri ve kategoriler vs. olmalı. Eğer çok fazla boş index var ise Google gibi getir, google url kaldır ile çok uzun sürer ve kalıcı olmaz. Tekrar indexlenir.

Benim tavsiyem kullandığınız seo eklentisinin ayarlarından bahsettiğiniz boş ve gereksiz içerikleri bularak bu içerikleri NOINDEX olarak ayarlayın. Google search console ile de yapacağınız bir şey yok. Bu içerikleri NOINDEX olarak ayarladığınız için zamanla google'dan silinecektir.