Site dosyalarını bu klasöre koyacaksın /usr/share/nginx/html ve şuan bu klasörde kendi oluşturduğu bir index.html dosyası var. Fakat mesela index dosyanız index.html değil de index.php ise, /etc/nginx/ klasöründe yer alan nginx.conf dosyasını açın;

index index.html;

olan yeri;

index index.php;

olarak düzenleyin.
Not: Bu işlemleri yapmadan önce, düzenlediğiniz dosyanın bir yedeğini de almayı unutmayın.

Bu işlemi tamamladıktan sonra yapılan değişikliğin etkinleşebilmesi için;

"sudo service nginx restart" komutunu kullanın (ubuntu server için böyle) nginx'i kurduğunuz linux dağıtımı neyse o sistemin komutu farklı olabilir google'dan araştırabilirsiniz bunu.