Öncelikle daha kapsamlı bir kaynak olan Google'ın kendi blogunda sorduğunuz soru ile alakalı bir içerik mevcut. Söz konusu bu farklı dil seçenekleri için kapsamlı bir rehber yayınladılar onun linkini size vermek istiyorum. https://support.google.com/webmasters/answer/189077?hl=tr
Benim görüşüme gelecek olursak, Google'dan "site:www.siteadresi.com" "site:www.siteadresi.com/en" olarak sorguladığınız iki farklı index alıyorsanız bir sorun yoktur. Fakat siteyi yeni hazırladığınızı söylediniz bunu göz önünde bulundurarak "hreflang" yönlendirmelerini taglerinize eklemelisiniz.
< link rel="alternate" hreflang="tr" href="www.siteadresi.com/" />
< link rel="alternate" hreflang="ru" href="www.siteadresi/en" />Hreflang yönlendirmesinden sonra Google zaten farkına varacak ve gereken işlemleri yapacaktır. Ama yinede yayınlanan kapsamlı rehbere göz atın.
Bol şans :)