https://stackoverflow.com/questions/1669683/crop-whitespace-from-image-in-php
konusunda benzer bir çalışma var. Hatta araştırmalarımda neredeyse tüm sonuçlar bu sayfaya çıkıyor bir nevi referans bir konu olmuş.
İlgili konuda GD kütüphanesi ile yapılan çalışmada beyaz alanlar bulunarak kırpılıyor. Fakat bu sistem saydam renklerde çalışır mı bilemiyorum.
Ek olara php resim ile ilgili referans sayfası http://php.net/manual/tr/ref.image.php