cpanel üzerinden yeniden yönlendirme kısmından eklediğim işlemi sildim ve dediğiniz gibi kodu kendime göre domain adreslerini ekleyerek .htaccess içerisine ekledim.

Anasayfaya eski domain ile girince yeni domain'e yönlendiriyor ama içeriklere eski domain ile girince yönlendirmiyor.