Aynı hostta barındırırsan, kullandığın skripti iki domainine de kurman lazım. Sadece mysql veritabanları aynı olacak şekilde ayarlayacaksın.
Tek sıkıntısı skriptde bir kod değişikliği yapman gerektiğinde bunu iki domain içinde ayrı ayrı yapmandır.