Bana göre;
- Kodlamak istediğin projeyi detaylı şekilde belirle ve programlama dillerinin tercihini yap
- Tasarımı oluştur
- Kodlamaya başla (Gerekli veri tabanı tablolarını oluştur.)

Çok büyük projeler kodlamadığımız için freamwork'e veya dizin yapısını oluşturmaya gerek duymuyoruz :) Css / js vs farklı zaten ön yüz ve arka yüz oluyor.
Başlangıçta kullanmak istediğin fonksiyonları yazıp ekleyebilirsin veya progralmlarken ihtiyaç duydugunda da yapabilirsin isteğe bağlı bir işlem.
Tasarıma php giydirme ve php'ye tasarım giydirme gibi işlemlerde sana nasıl kolay gelirse o şekilde yapın :) Ben tasarıma php yazmayı tercih ediyorum.