single-product.php içerisinde bu kısmı düzenleyerek yapabilirsin. Önce var olan kategorinin id sini al. Sonra if koşuluyla farklı şablon çağır.

Mesela

if ($catID == 1):
wc_get_template_part( 'content', 'single-product-custom' );
else:
wc_get_template_part( 'content', 'single-product' );
endif;