Hocam çok bilgim yok ama dosya yolunu kaldırabileceğinizi düşünmüyorum. Klasör'ün içerisine girince index.php'yi var sayar şu şekildeyse; klasor/index.php -> klasor/ olarak gözükür.
Ama index.php'den sonra get ile veri taşınıyorsa url'de gözüktüğü için klasor/index.php?xx
olarak devam eder.
Birde tek klasör tek index sonuçta :) Cevabı gelirse etiketlerseniz sevinirim