Sublime text'te satıra git komutu vardı ctrl+G komutu bununla 5000. satıra gidip istediğin işlemi yapabilirsin.
İlk önce 1 inci satırın başına mouse işaretçisini bırak sonra CTRL+G ile 5000 satıra git mouse ile tıklamadan önce Shift tuşuna bas ve 5000 satırın sonuna tıkla aradakilerin hepsi seçili olacaktır. DELETE ile de silebilirsin.

Umarım işe yarar. Sublime Text kullanmıyorum. O yüzden kendim bakamadım :)