Özel query oluşturduysanız WpÖmerFaruk'un gösterdiği şekilde düzeltmeyi yapmanız gerekiyor. Normal query'de (new WP_Query kullanılmayan. Varsayılan query) pagination çalışır. Sorun başka yerdedir. Github'da bir sürü pagination projeleri var onları kullanın.

https://github.com/search?q=wordpress+pagination