Wordpress üzerinden güncellemek sorundan başka bir şey getirmez sana, manuel güncelle.

Evet cPanel'den Full Backup aldıktan sonra Wordpress 3.4.1'i indir, FTP ile worpdress dosyalarının üzerine yazdır. Daha sonra site.com/wp-admin/upgrade.php dosyasından veritabanı güncellemesini yap. Manuel güncelleme ile sorun çıkma olasılığı oldukça düşüyor ;)