Google Webmasters Tools'daki URL Kaldır aracıyla bu linkleri kaldırıp, sonrasında bu klasörlere boş index dosyası ekleyip bu sorunu çözebilirsiniz.

Ayrıca eğer cPanel kullanıyorsanız "İndexler" sayfasından bu klasörü bulup, wp-includes sayfasına "İndexleme yok" seçeneğini işaretlerseniz, bu sorunu kökten çözebilirsiniz.