Base hrefi hangi dosyada kullandınız, bir de localde projeniz yüksek ihtimal bir klasörün içindeymiştir. İnclude ettiğiniz dosyanın dizini ve include edilen dosyanın dizinini kontrol edin. %90 baseden kaynaklı bir uyumsuzluk yaşıyorsunuz.
header.php de body tagının hemen altında yer alıyor base url.
İşin komik tarafı cPanel olan bir hostta şu şekilde çağırınca çalışıyor: tr/vendor/autoload.php (cPanel li hostta ../vendor/autoload.php de çalışmadı) fakat VPS de aynı şekilde çağırınca yine gelmiyor. (htaccess ile alakalı olabilir mi diye baktım aktif değildi aktifleştirdim ama aynı)