Öncelikle tavsiyem base hrefi head etiketinin arasına alın olası css kaymaları yaşanmaması için. Diğer sorun için uzaktan bağlantı verirseniz bir inceleyeyim dosya yapısını tam olarak kestiremedim :)
Hocam geç döndüm kusura bakmayın, şöyle bir araştırma yaptım da sanırım composer root kullanıcısında çalıştırılmıyor. Bununla alakalı bilginiz var mı? VPS root olduğu için sanırım o yüzden izin vermiyor dosya çalıştırılmasına.