Önemli değil en alttaki cloudflare bypass hakkında söylediğinize cevap vererek başlayayım cloudflare bypass edilebilir ama normalde böyle bir şey pek kolay değil bypass edilebilmesinin nedeni kişinin cloudflareyi yanlış kurmasıdır ve yapılandırmasıdır. Cloudflare de dns doğru yapılandırırsa bu bypass mümkün olmaz.

Demek istediğinizi başta yanlış anladım ya da anlatmamda sıkıntı olmuş olabilir alfa shell gibi sheller sunucuları rahat geçerek tüm sunucudaki sitelere zarar verebilir %100 güvenlik diye birşey yoktur sadece önlem alıyoruz ln-s komutları veya symlink türk sunucularında işleyebilir bu tabi ki oluyor ama bilgisayar korsanın yeteneğine kalmış bir şeyler diğer husus şuan bir türk sitesi veya sunucu hackleyen kişiler 2 yıl 6 ay kadar hapis cezası ile yargılanıyor.

wp-config.php 440 aldığımızda hiçbir şekilde gözükmez diye bir şey yok bypass edilebilirse gözükebilir ama kolay değil. Hostgator dünya üzerinde dev firmalar Godady,Hostgator bypass edilmesi neredeyse imkansız sunucuları üst seviye güvenlikte ve komutları kısıtlıyorlar türk firmaları sunuculardaki komutları kısıtlamıyor bunda siz haklısınız hocam . Godady ve hostgator tercih ederseniz pek güvenlik sorunu yaşamazsınız.