Nginx webserver üzerine WordPress kurdum. var/www içerisinde bulunan dosyalarımın izin ayarları için aşağıdaki komutları kullanıyorum. Bazı Analytic servisleri için de aynı izinleri kullanıyorum. Magento hakkında bilgim yok.

chown -R www-data:www-data /var/www/
sudo chmod -R 755 /var/www

Snapshot oluşturmadan, yedek almadan denemenizi önermem. Komutlar çalıştırıldığında herhangi bir çıktı vermeyecek bu yüzden dosya izinlerinin değişip değişmediğini manuel olarak kontrol edin.. Ayrıca detaylı olarak hangi dosyaların izinlerinin değişip değişmediğini kontrol etmeyi unutmayın.