İlk mesajınızda aklıma direk sistem yetmezliği geldi anlattıklarınıza göre. Fakat son mesajda ki sistem özellikleri bu derece sıkıntı çıkartacak özellikler değil. Senin sistemin büyük ihtimal ayarları sorunlu. Evet vestacp biraz kaynak sömüren bir panel fakat ben 1GB makinelerde bile böyle sıkıntı çıkarttığını görmedim.

Tavsiyem: Mysql ayarlarını gözden geçirin. Ayrıca sistem ayarlarınıda gözden geçirin disk önbelleği, RAM kullanım sınırları gibi.