O zaman şöyle bir çözüm üretilebilir:

logo mesela 3 farklı renkte hazırlanır,
css kullanarak position ile hepsi aynı pozisyona sabitlenir (yani üst üste gelirler)
jquery ile örnekteki gibi değişmesi için
logo1 için opacity 1 saniye içinde 100'den 0'a inerken
logo2 için opacity zaten 0 iken 1 saniye içinde 100'e çıkar
sonra logo 3 için aynı işlem uygulanır