Apache: /var/log/apache2/error.log
Nginx: /var/log/nginx/error.log

Kayıtlarına bir göz at. Nginx + php-fpm kullanıyorsan.
php.ini dosyasında ki bu ayarı dene :

request_terminate_timeout = 300
max_execution_time = 300

nginx.conf ayar dosyası içerisine bu satırı ekle : fastcgi_read_timeout 300;

nginx ile birlikte apache kullanıyorsan nginx.conf içerisine bunları ekle :

proxy_connect_timeout 600;
proxy_send_timeout 600;
proxy_read_timeout 600;
send_timeout 600;

nginx servisi yeniden başlatıp, test et. Tabi bunları yapmadan önce dosyalarını yedekle.