Herşey olabilir.
Tablonuzun tamamına bağlanmanız select ifadesi ile gerekli yerleri almak yerine tümünü çağırmanız.
Binlerce veriyi sayfalamadan çağırmanız.
Lokasyon olarak hosting veya sunucuyu bulunduğun ülke dışında almanız.
Çok fazla hata alıp hataları bastırarak error.log şişirmeniz.
Çok fazla sorgu kullanmanız.
Yanlıs veritabanı mimarisine sahip olmanız.
Hosting sağlayıcısının kalitesizliği.
Html, js, css dosyalarının optimize edilmemesi.
Görsellerin optimize edilmemesi.
Önbellek kullanılmaması vs.... şeklinde uzaaar gider.