fenix28 yapmış oldugun sistemi bilemiorum birde basedir yani base kodunda yani ana dizin yolunun subdomain yada ana dizin harici calıstırma ayarlarını ana dizin olup olmadıgını kontrol edermisin.. aklından kaçmış olabilir. ayrıca site atabilirsen bi gözlemleyebiliriz.

Edit: .htaccess e de bir göz at ana dizinde calısmayıp klasörde çalışması acayip bi durum