Internet var olduğundan beri bu sorunun sorulduğunu bilecek kadar araştırma yaptıysanız hemen naçizane bir klişeyle zaten bildiğiniz o muhteşem cevabı vereyim. :D

Google'ın gözünde alt klasör siteyle bağdaşık olarak yayın yapar. SEO açısından birbirine bağlı gidecekse siteler, klasör yapmak daha mantıklıdır. Bu sayede ana sayfa desteklenmiş olur. Subdomain ayrı bir site manasına gelir. Bu da ana domaini güçlendirir ancak farklı bir site olarak muamele görür. Buna da Blogger, WordPress.com vs. örnek gösterilebilir.