Ne fark edeceğini bilmiyorum fakat bootstrap rem kullanıyor hep. Ordan referans alabilirsiniz.
Şöyle bir fark var.
Rem, html font boyutuna göre boyutlama yapar.
Em, bir üst elementin font boyutuna göre boyutlama yapar.
Örneğin;
https://jsfiddle.net/tehet/knzj5b0y/13/
https://jsfiddle.net/tehet/knzj5b0y/13/