woocommerce_email_order_meta_fields kancasına filtre uygulayarak yapabilirsin. Tabi checkout kısmına eklediğin özel kutucuğu post ile yakalayıp order_metaya eklediğini varsayıyorum.
Belirttiğim filtrede $order objesi bulunur. Bu objeden rahatlıkla order_meta yı çekip email tablosuna ekleyebilirsin.
