Dosyalardan önce siteye alan adını kayıt etmelisin, daha sonra aynı isimde klasör açarak dosyaları o klasöre aktarmalısın.
Farklı bir işlem yok ancak bilindiği üzere FTP dosya taşıma sırasında sorun çıkma olasalığı her zaman mevcut.
Mybb ile çok fazla bir yakınlığım yok :) ama bu işlem her yerde aynı. İnternet bağlantısının kesilmemesine dikkat et...