Sanırım yüklediğiniz dosyaların indirilirken şifre kullandırılarak indirilmesini istiyorsunuz. Bunun için .htaccess dosyanızdan uploads klasörünüzü bir php dosyasına yönlendirip, bu sayfa üzerinden şifreyi sorgulatıp, sonrasında dosyası indirtebilirsiniz. Ancak bunun için biraz php bilgisine ihtiyacınız olacak. Tercihlerinize göre biraz da html + css.