Site adresini verirseniz detaylı olarak bakabilirim. Cpanel'in sunduğu ücretsiz Let's Encrypt sertifikasını kullanıyorsanız eğer Cloudflare aktif durumdayken bu sertifika kendi kendine yenilenmez. Bu yüzden Let's Encrypt yerine Cloudflare sertifikası yüklemeniz sorunu kökünden çözecektir. (15 yıllık ücretsiz sertifika sunuyor Cloudflare)