Client'a bıraktığın her şeyi çözerler, istediğin kadar şifrele karıştır. Uygulamanı web app şeklinde geliştirip electron uygulaması olarak port edebilirsin. Tamamen web'e bağlı olacağı için en fazla sunucuyu hacklemeleri gerekir. Zaten bir uygulamayı şifrelemek istiyorsan mantığında ters giden bir şey var demektir.