Hatanın sebebi
RewriteRule ^(.*)$ $1.php Bu satırın olması (Ya bunu kaldırmalısınız)
Yada asıl dosyanızın yani ilan.php nin adını değiştirip farklı bir isim koyup htaccess dosyasından değiştirirseniz sorun çözülecektir örneğin ilanagit.php olarak değiştirin sorun çözülür.

Yani ;
(ilan.php dosyasını ilanagit.php olarak değiştirin, htaaccess de şu şekilde)
RewriteRule ^ilan/([0-9a-zA-Z-_]+)-([0-9]+)$ ilanagit.php?sef=$1&id=$2 [NC,QSA,L]